分析物的性质
在HPLC上分析的样品通常不耐热，并且在较高温度下会降解，而在GC中，高压制备色谱系统费用，溶质可承受高达400℃的温度，并且具有挥发性。用于HPLC分析的样品通常是液体或溶解在液体中的固体。除液体和溶解的固体外，高压制备色谱系统，GC还可以处理气体。GC样品的分子量较低，高压制备色谱系统批发价格，而HPLC可用于分析涵盖从高分子量聚合物到大型生物分子的一系列样品的高分子量化合物。
工业制备色谱
蛋白质的特点使得其分离过程与传统化工分离过程有着极为不同的特点:(1)分离对象是具有特定的生物活性的生物大分子产品，分离过程设计中不恰当的物理和化学环境等(如温度、PH值、缓冲液选择、、搅拌和剪切力等)皆有可能引起其蛋白质分子结构发生改变，从而使之失活;(2)由于发酵液、细胞培养液或匀浆液中，我们所需要的目标产物往往存在于含有许多性质十分相似的杂质的稀溶液中，高压制备色谱系统哪个稳定性好，如何从这样一种复杂的稀溶液中经济有效地提取产物是生物分离技术面临的重大课题;(3)从卫生和安全角度出发，对于用基因工程产品，有着极高的纯度和同一性要求，对其中的有害杂质去除率要求极高，对分离设备材质和分离过程中引入的分离介质也有着严格的限制。
气相色谱（GC）和高效液相色谱（HPLC）
工作温度
由于化合物的热不稳定特性，HPLC操作通常在环境温度下进行，比如操作时将液相色谱柱放入恒温箱中使用。而气相色谱柱操作的环境温度并不苛刻。
工作压力
由于液体具有较高的密度和粘度，因此对于常见的分析分离，需要在5000 – 6000 psi范围内的较高压力。UHPLC系统能够在15，000 – 18，000 psi的范围内运行。GC色谱柱中的载气要求在150 – 200 psi范围内的较低压力即可。
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